美波町役場は町長をトップに副町長が存在します。
部局の構成は以下の通りです。

• 総務課
• 会計課
• 住民生活課
  隣保館
• 福祉課
  地域包括支援センター、赤松こども園、阿部こども園
• 税務課
• 政策推進課
• 産業振興課
• 建設課
• 水道課
• 消防防災課
• 健康増進課
• 由岐支所
  阿部出張所・阿部診療所、搬送班
• 日和佐診療所
• 美波病院

教育委員会は教育長をトップに教育委員会が存在します。

• 小中学校
• 給食センター
• 日和佐公民間
  図書資料館、総合体育館、うみがめ博物館
• 由岐公民館
  ふれあいホール